L’église est installée aux abords de la ville de Lugdunum, dans un secteur périphérique qui fut occupé par une nécropole romaine puis par un cimetière paléochrétien. Son édification, commencée au 11ᵉ siècle, met au 12ᵉ siècle un point final aux transformations successives des précédentes constructions. Au 19ᵉ siècle, la découverte du parchemin de consécration du maître-autel livra la seule date indiscutable de l’histoire de l’église – octobre 1200 – qui est aussi celle de son achèvement. La basilique renferme dans ses murs de nombreux fragments d’architecture et d’éléments sculptés provenant de monuments antiques. Ces réemplois ont été principalement prélevés sur la nécropole de l’Antiquité tardive, qui est en cours de fouille.
La basilique Saint-Just de Valcabrère voit sa construction terminée en 1200, dans un espace périphérique occupé jusqu’alors par une probable villa puis une nécropole romaine durant l’Antiquité tardive et un hameau villageois du Haut-Moyen Age avec son cimetière.