« L’esprit de la Résistance survivra aux événements de 1940-1944, comme un témoignage de la plus haute vertu humaine. » Raymond Badiou
Dans les années 1980, le musée fait face à l’exiguïté de ses locaux : près d’un tiers des collections ne peuvent être exposées et la politique d’acquisition est ralentie. À cela s’ajoute un manque de moyens humains. Les membres de l’association décident alors de transférer progressivement la propriété des collections au Conseil départemental de la Haute-Garonne dans l’objectif de contrer le risque de perte ou de dispersion de ces témoignages essentiels et de donner à la structure les moyens de son développement. Le 19 août 1994, date anniversaire du cinquantenaire de la Libération de Toulouse, est inauguré au 52 allée des Demoiselles le musée rebaptisé Musée départemental de la Résistance et de la Déportation (MDRD).
Ce rattachement au Conseil départemental s’accompagne d’une professionnalisation des équipes et d’un accroissement des collections, qui passent de 3 565 objets en 1987 à plus de 32 000 aujourd’hui. Parallèlement, le propos du musée évolue. Sans taire la violence du conflit, il s’attache à rendre compte de la spécificité de l’histoire de la Seconde guerre mondiale dans le département et à promouvoir la défense des valeurs républicaines et de la citoyenneté.